1949 год. Спустя два года после пережитой катастрофы Коити Сикисима и его близкие все еще живут с тяжелыми воспоминаниями, надеясь оставить прошлое позади и обрести долгожданный покой. Однако надежды рушатся, когда из морских глубин вновь появляется Годзилла — еще более опасный и разрушительный. Пока чудовище несет гибель городам и движется к Нью-Йорку, Коити снова оказывается в кабине самолета, готовясь к отчаянной миссии. На этот раз на кону не только судьба его семьи, но и будущее всего мира.